Територія національного природного парку «Вижницький» відноситься до басейну р.Дунай і знаходиться в басейнах двох  основних річок Буковинських Карпат - Черемошу (права притока р. Прут) та Сірету (ліва притока р. Дунай). Приблизно 60%  її належить до басейну Черемошу, решта - Сірету.

Черемош є найбільшою за водністю притокою р. Прут, обмежуючи з заходу та північного заходу територію парку. Гідрологічну мережу його водозбору в межах парку утворює його права притока р. Виженка (з правою притокою р. Мал. Виженка) - найбільший водний потік НППВ. Довжина самої Виженки в межах власне парку 12 км, площа водозбору 43.1 км², або 55% всієї площі парку. Свій початок вона бере на північно-східному схилі безіменної гори на висоті понад 880 м і впадає в Черемош на території м. Вижниця.

Водозбір р.Сірету дещо менший і займає 45% території НППВ. Його гідрографічну мережу складають потоки Стебник та Сухий з численними притоками. Загальна довжина річок цього водозбору в межах парку становить 86.8 км, густота гідрографічної мережі - 2.4км/км². Стебник є другою за величиною річкою парку з постійним водотоком. Бере початок на схилі північно-східної експозиції безіменної вершини пасма Смідоватий.

Потік Сухий дещо менший від Стебника, є також лівою притокою р.Сірет, утворюється злиттям декількох невеликих струмків що беруть початок на схилах поперечних пасом-перемичок на висотах 800-850 м. Загальна довжина понад 9 км, площа водозбору в межах парку 19.3 км².

Отже, гідрологічну мережу національного природного парку „Вижницький” складають малі річки, такі як Виженка, Стебник, Сухий, а також невеликі струмки Солонець і Славець.

Живляться всі водотоки за рахунок дощових, талих та підземних вод.

В весняно-літній та літньо-осінній періоди на всіх річках парку спостерігаються повені.

Стійкий льодовий покрив формується наприкінці грудня - початку січня і в залежності від погодних умов утримується на протязі 1.5-2 місяців.

Озер та типових боліт на території парку нема.

Головною принадою є загальновідоме з давніх часів джерело «Лужки» з рідкісним сульфатно-алюмінієво-залізистим складом. Дебіт 4м³/добу. Свої властивості вода втрачає за 2-3 години. Крім цього на території парку наявні джерела лікувального-столового типу «Нафтуся» та хлоридно-натрієві води (розсоли).